Το τέταρτο ευαγγέλιο διασώζει επίσης σημαντικές πληροφορίες για τη μητέρα του Ιησού, οι οποίες δεν αναφέρονται στα τρία συνοπτικά ευαγγέλια. Ειδικότερα αυτή εμφανίζεται σε τρία περιστατικά της ζωής και της δράσης του. Το πρώτο είναι το περιστατικό του γάμου στην Κανά και του θαύματος της μεταβολής του νερού σε κρασί (Ιω 2:1-10), το δεύτερο είναι, όταν οι Ιουδαίοι αντιδρώντας στη διδασκαλία του Ιησού αναφέρουν ότι γνωρίζουν τον πατέρα και τη μητέρα του (Ιω 6:42) και το τρίτο είναι κατά τη σταύρωση (Ιω 19:25-27), όταν ο Ιησούς εμπιστεύεται τη μητέρα του στον αγαπημένο του μαθητή.
Είναι ενδιαφέρον ότι ο ευαγγελιστής αποφεύγει να αναφέρει το όνομά της, την οποία συνήθως ονομάζει απλά «μητέρα τοῦ Ιησοῦ» (2:1.3) ή «τὴν μητέρα αὐτοῦ» (19:25). Αυτή η ανωνυμία δε δηλώνει απαξίωση του προσώπου της, αλλά μάλλον προϋποθέτει ότι η μητέρα του Ιησού είναι ένα οικείο στους αναγνώστες του ευαγγελίου πρόσωπο, του οποίου το όνομα κατά συνέπεια είναι γνωστό. Άλλωστε, αυτή η αναφορά στο πρόσωπό της απλά με το χαρακτηρισμό της ως «μητέρας τοῦ Ἰησοῦ» είναι μια γενικότερη τάση στα ευαγγέλια.
Αφήνοντας το περιστατικό στο 6:42 κι εστιάζοντας στα άλλα δύο παρατηρούμε ότι στο κατά Ιωάννην ευαγγέλιο η μητέρα του Ιησού εμφανίζεται στην αρχή της επίγειας δράσης του Ιησού και στη συνέχεια πάλι στο τέλος της. Αυτό δε μπορεί να είναι τυχαίο, αλλά κρύβει ένα βαθύτερο νόημα, το οποίο σχετίζεται με τον τρόπο που κατανοεί ο τέταρτος ευαγγελιστής το ρόλο της μητέρας του Ιησού μέσα στη ζωή και τη δράση του. Θα μπορούσε επίσης να υποστηριχθεί ότι κατά κάποιον τρόπο η εμφάνιση της Θεοτόκου σε αυτά τα δύο γεγονότα θέτει το χρονικό πλαίσιο της επίγειας δράσης του Ιησού. Η παρατήρηση αυτή μπορεί να ενισχυθεί από τις κειμενικές συνδέσεις που εντοπίζονται μέσα από μία προσεκτική ανάγνωση των δύο περικοπών.
Το θαύμα στην Κανά ως πρώτο σημείο του Ιησού λειτουργεί προγραμματικά κι επομένως έχει ιδιαίτερη σημασία για τα όσα θα ακολουθήσουν και για τη θεολογία του τετάρτου ευαγγελίου. Άλλωστε ο ίδιος ο ευαγγελιστής σημειώνει στο 1:11 ότι με το θαύμα στην Κανά «ἐφανέρωσεν τὴν δόξαν αὐτοῦ». Η ιδέα της δόξας είναι κεντρική στο κατά Ιωάννην ευαγγέλιο και συνδέεται με την φανέρωση του σαρκωθέντος Λόγου μέσα στην ιστορία και κορυφώνεται στο πάθος και την ανάστασή του. Είναι, επομένως, ιδιαίτερα ενδιαφέρον το γεγονός ότι η μητέρα του Ιησού θα διαδραματίσει σημαντικό ρόλο εδώ· θα μεσιτεύσει για το θαύμα που θα ακολουθήσει κι επομένως θα συμβάλει στη φανέρωση της δόξας του υιού της.
Η απάντηση του Ιησού στην έμμεση παράκληση της μητέρας του ωστόσο ξαφνιάζει: «τί ἐμοί καὶ σοί, γύναι». Η φράση δηλώνει σαφώς την άρνηση του Ιησού να επιτελέσει το θαύμα καθ’ υπόδειξιν τρίτου, κάτι που συμφωνεί με τη γενικότερη τάση του ευαγγελιστή να παρουσιάζει πάντοτε τον Ιησού να ενεργεί με δική του πρωτοβουλία κι όχι κατ’ απαίτηση των ανθρώπων. Είναι επίσης πιθανό η απάντηση του Ιησού να θέλει να υπογραμμίσει την οντολογική απόσταση που υπάρχει μεταξύ του ιδίου –ο οποίος με ιδιαίτερη έμφαση στο τέταρτο ευαγγέλιο προβάλλεται ως ο υιός του Θεού– και της μητέρας του.
Το δεύτερο που προκαλεί εντύπωση είναι ότι ο Ιησούς προσφωνεί τη μητέρα του με τη λέξη «γύναι», μία προσφώνηση, η οποία ωστόσο δε χρησιμοποιείται στον αρχαίο κόσμο για να χαρακτηρίσει τη σχέση του γιου με τη μητέρα του. Η προσφώνηση όμως συχνά χρησιμοποιείται ως έκφραση σεβασμού. Εδώ είναι πιθανόν αυτή η προσφώνηση να εξυπηρετεί δύο σκοπούς· εκφράζοντας την τιμή του προς τη μητέρα του ο Ιησούς ταυτόχρονα δηλώνει την ανθρώπινή της φύση και διατηρεί απόσταση από αυτήν.
Είναι επίσης σημαντικό ότι ο Ιησούς προσφωνεί έτσι τη μητέρα του δύο φορές μέσα στο ευαγγέλιο: την πρώτη φορά εδώ, στην αρχή της δράσης του και της φανέρωσης της δόξας του και τη δεύτερη φορά κατά τη σταύρωση, στην κορύφωση δηλαδή αυτής της φανέρωσης (19:26: «γύναι, ἴδε ὁ υἱός σου»). Αυτό θα πρέπει α συνδυασθεί με την επόμενη φράση της απάντησης του Ιησού στη μητέρα του: «οὔπω ἤκει ἡ ὥρα μου». Οι ερμηνευτές συνδέουν τη λέξη «ὥρα» με τη μεσσιανική αποστολή του Κυρίου και τη στιγμή που εκείνος αποφασίζει ότι είναι η κατάλληλη για να παρέμβει θαυματουργικά. Πραγματικά η λέξη «ὥρα» απαντά σε πολλά σημεία του ευαγγελίου, έχει θετική σημασία και συνδέεται πάντοτε με το πάθος και την κορύφωση, επομένως, κατά τον ευαγγελιστή, του δοξασμού του Ιησού (7:30· 8:20· 12:23· 13:1· 16:32· 17:1). Κατά συνέπεια, η «ὥρα» μέσα στο τέταρτο ευαγγέλιο αποκτά ένα βαθύτερο θεολογικό περιεχόμενο, δηλώνει δηλαδή τον τελικό δοξασμό του Ιησού από τον Πατέρα του. Σε εκείνη τη στιγμή, όπως ήδη προαναφέρθηκε, παρούσα είναι και πάλι η μητέρα του Κυρίου. Στο περιστατικό του γάμου της Κανά, λοιπόν, η απάντηση του Ιησού μπορεί να αποτελεί την άρνησή του να προχωρήσει για χάρη κάποιας ανθρώπινης επιθυμίας στην πρόωρη φανέρωση της δόξας του. Ταυτόχρονα όμως η παράκληση της Θεοτόκου λειτουργεί ως η παρότρυνση για να ξεκινήσει η πορεία προς αυτήν την τελική ώρα του δοξασμού του Ιησού. Ο ρόλος της, επομένως, είναι καταλυτικός.
Η μητέρα του Κυρίου εμφανίζεται ξανά στο τέλος της επίγειας δράσης του Ιησού, κάτω από τον Σταυρό, όταν ο ίδιος ο Ιησούς θα την παραδώσει στον αγαπημένο μαθητή. Η πράξη αυτή του Ιησού έχει ένα βαθύ συμβολικό περιεχόμενο, αν ληφθεί υπόψη, πρώτον, η κεντρική θέση που καταλαμβάνει ο αγαπημένος μαθητής του Ιησού μέσα στο ευαγγέλιο και, δεύτερον, ο ρόλος της μητέρας του μέσα σε αυτό. Ο αγαπημένος μαθητής, ανώνυμος κι αυτός όπως κι η μητέρα του Ιησού, είναι ο αψευδής μάρτυρας όσων έπραξε και δίδαξε ο Ιησούς (19:35), ο πρώτος από τους μαθητές που πιστεύει στην ανάστασή του (20:8), εκείνος που τον αναγνωρίζει πρώτος στη Γαλιλαία (21:7). Η θέση του μέσα στην εκκλησιαστική κοινότητα είναι σημαντική· είναι εκείνος που εκπροσωπεί την αποστολική παράδοση για τον Ιησού μέσα σε αυτήν και που κατά κάποιον τρόπο αντιπροσωπεύει την κοινότητα. Από την άλλη, η μητέρα του Κυρίου είναι το πρόσωπο εκείνο που περισσότερο από κάθε άλλο βρίσκεται κοντά στον Ιησού αλλά και που συμβάλλει στη φανέρωση της δόξας του και κατά την ώρα εκείνη δεν τον εγκαταλείπει, αλλά παραμένει πιστά δίπλα του ως μητέρα κι ως πιστή μαθήτρια. Είναι επομένως κι εκείνη αυθεντικός μάρτυρας του Ιησού. Η παράδοση κατά συνέπεια από τον Ιησού της μητέρας του στον αγαπημένο μαθητή δηλώνει ακριβώς τη σημαντική θέση της μέσα στην πρώτη εκκλησιαστική κοινότητα. Αν ο αγαπημένος μαθητής μπορεί κατά κάποιον τρόπο να εκπροσωπεί αυτήν την εκκλησιαστική κοινότητα, τότε η μητέρα του Ιησού καθίσταται με αυτήν την κίνηση του Ιησού, που δηλώνει τη μεγάλη αγάπη του προς τους δικούς του (βλ. Ιω 13:1), η μητέρα των μελών αυτής της κοινότητας και κατ’ επέκταση κι όλων των μελών της Εκκλησίας μέσα στους αιώνες.
Αυτή η ιδέα ίσως κρύβεται πίσω κι από την παράδοξη παράσταση της γυναίκας στο 12ο κεφάλαιο της Αποκάλυψης. Είναι πολύ πιθανόν πίσω από την εικόνα της γυναίκας, που είναι περιβεβλημένη με τον ήλιο κι η οποία γεννά ένα γιο, τον οποίο επιδιώκουν να αφανίσουν οι αντίθεες δυνάμεις κι ο οποίος όμως διασώζεται από το Θεό μαζί με τη μητέρα του, να κρύβεται μία έμμεση και συμβολική αναφορά στο πρόσωπο της μητέρας του Κυρίου, η οποία εδώ λειτουργεί ως σύμβολο της Εκκλησίας. Αυτή η ταύτιση της μητέρας του Κυρίου με την Εκκλησία μαρτυρείται κι αργότερα σε διάφορα κείμενα αλλά και σε εικονογραφικές απεικονίσεις, όπως εκείνη της Santa Maria di Trastevere, για την οποία ίσως μιλήσουμε κάποια άλλη φορά.